Для того чтобы понять что такое дефрагментация необходимо сначала разобраться с термином фрагментация. В процессе записи и удаления файлов на диске образуются пустые места, в которые позже записываются новые данные. В результате на диске файлы как бы перемешиваются. Подобное «перемешивание» создает большие проблемы. Из-за того что данные идут не подряд а вперемешку скорость копирования значительно снижается. В этом случае жесткому диску необходимо слишком часто менять позицию для чтения. В итоге большая  часть времени тратится именно на позиционирование.